Да, зачтется.
В срок обязательной работы по распределению по желанию молодого специалиста засчитывается в том числе период военной службы по призыву при условии, что он имел место после распределения на работу (основание: п. 8 ст. 72 Кодекса об образовании).
Выпускник, получивший свидетельство о направлении на работу и до указанного в нем срока прибытия в организацию призванный на военную службу, письменно уведомляет об этом учреждение образования и нанимателя.
Выпускник, которому место работы предоставлено путем распределения, призванный на военную службу, за два месяца до окончания срока службы письменно уведомляет нанимателя о прибытии или неприбытии для трудоустройства по окончании срока службы.
Выпускник, которому место работы предоставлено путем распределения, по окончании военной службы по призыву, если выпускник не прибывает для трудоустройства, обращается в учреждение образования, направившее его на работу:
за получением справки о самостоятельном трудоустройстве, если он прослужил по призыву и не истекли два года после получения высшего, научно-ориентированного или среднего специального образования и один год после получения профессионально-технического образования;
за перераспределением (перенаправлением на работу):
если он прослужил менее срока, установленного законодательством для прохождения военной службы по призыву для соответствующей категории военнослужащих;
если он прослужил и желает работать по распределению.